1963年4月2日小児循環器研究会の初会合が開催された。大国真彦先生ら4名の有志が世話人となって開催を提案した。
1965年5月17日第1回小児循環器研究会総会が、名古屋国際ホテルで永山徳郎先生、泉幸雄先生を世話人として開催された。この研究会が本学会の前身とされ、この日が本学会の設立日とされている。
この年は米国では小児循環器学の母と称せられるJohns Hopkins大学のHelen Taussig教授がAmerican Heart Associationの会長を務めた年であり、我が国での小児循環器学が学問の一つとして誕生した年である。
1977年第13回学術集会(宮尾益英会長)から日本小児循環器研究会と名称を変更した。
1980年本学会の機関誌として日本小児循環器学会雑誌の定期発行を開始した。現在は年4回の定期発行、学術集会およびガイドラインなどの特別号が不定期に発行されている。2022年10月の時点で38巻となっている。
1981年第17回学術集会(早川国男会長)から、日本小児循環器学会と名称変更となった。
1997年2nd World Congress of Pediatric Cardiology and Pediatric Cardiac Surgeryが今井康晴先生,門間和夫先生を会長として,Hawaiiで開催された。
2006年特定非営利活動法人 日本小児循環器学会と認可された。
2007年第1回専門医試験が実施された。2022年4月現在 630名が登録されている。
2014年地方会制度が開始された。2022年4月現在 53研究会が認定されている。
2016年分科会制度が整理された。2022年現在、12学会・研究会が登録されている。
2017年英文誌であるJournal of Pediatric Cardiology and Cardiac Surgeryが発行され、年1-2回発行されImpact Factor獲得を目指している。
2020年第56回学術集会(山岸正明会長)が、新型コロナ禍のため7月から11月に延期され、初の現地とオンラインのハイブリッド開催となった。
2022年医師会員数2446名、多領域専門職336名、名誉・特別会員128名、団体会員として賛助会員2団体が登録されている。